iPhone SE配置64位A9处理器，以及M9芯片，性能与iPhone 6s一样。

在内在功能规格方面完全升级至与iPhone 6s看齐，包括搭载有A9处理器和M9协处理器，不仅在处理器（CPU）性能上相比iPhone 5s 快了两倍，而且在图像处理（GPU）功能上也要比iPhone 5s快三倍。

还支持Touch ID、Apple Pay和VoLTE等功能。